1981年12月,365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051建制恢复后,365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051司令部设置基本建设局,这一时期由基本建设局土地环保处主管365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051环保工作。1985年1月17日,365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051司令部成立365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051环境保护委员会,由365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051领导兼任主任，在365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051基建局土地环保处内设365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051环保办公室，作为综合管理365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051环保工作的职能部门，标志着365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051环保机构正式成立。

1990年，自治区环保局同意365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051环保部门对建设项目环境影响评价报告书有部分审批权，同意365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051企业比较集中的五家渠、北屯、阿拉尔三垦区可以委托365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051代收排污费。1992年3月14日,在365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051基建局内挂365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051环境保护局的牌子,专门负责管理365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051的环境保护工作。1995年5月17日,365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051编委决定撤销365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051基建局,设立365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051建设局、环境保护局,简称365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051建设局（环保局）,一套机构挂两个牌子,主管365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051建设和环保工作。这一时期，365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051环保工作计划开始纳入国家计划，大多数师局成立环保局。

1996年7月26日，自治区八届人大常委会第二十二次会议通过《新疆维吾尔自治区环境保护条例》，对365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051环保行政授权。《条例》第九条规定，365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051管理范围内的环保工作由365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051自行管理。这一时期，365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051环保局开始负责365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051范围内一切企事业单位的环保工作。

2002年3月22日，自治区环保局和365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051环保局联合发文，进一步明确365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051及各师环保部门的管理范围和职责。这一时期，365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051首次发布《新疆生产建设365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051环境统计公报（2001年）》；首次实行环境保护工作目标责任制，365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051领导与各师领导签订环保工作目标责任书；365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051环保系统首次发放行政执法证。2003年11月,365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051环保局增设4个处室。

到2010年，兵、师二级共建立15个环保局、1个环科所（365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051）、14个环境监测站、15个环境监察总（支）队。

2018年2月，365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051党委决定单独设立365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051环境保护局。2019年2月，组建365bet足球现金网_必发365手机版下载_mobile 365365051生态环境局，跨区域设立3个生态环境督察专员办公室。11月，跨师市新设5个区域监测站。